La fama de la PCR en el 2020 

El término PCR se volvió famoso entre la población en el año 2020 debido a la pandemia de COVID-19 causada por el virus SARS-CoV-2. Si bien este término y la tecnología detrás de éste se conocen ampliamente desde su desarrollo en 1983, su uso fue limitado al ámbito científico y académico del área químico-biológica. 

Actualmente el término PCR lo emplea casi cualquier persona para referirse a la prueba diagnóstica para la detección de SARS-CoV-2. Sin embargo, su uso para referirse a esta prueba diagnóstica simplifica la terminología de la técnica que realmente se emplea para detectar este virus, y la cual es conocida como RT-PCR en tiempo real o RT-qPCR. 

PCR vs. qPCR 

La PCR (del inglés “Polymerase Chain Reaction”) es también conocida como PCR de punto final. En esta técnica molecular se generan millones de copias (amplificación) de un fragmento de ADN que son detectadas al final de la reacción generalmente por electroforesis en gel de agarosa. 

Por otro lado, la PCR en tiempo real o PCR cuantitativa, abreviada como qPCR de acuerdo con la guía MIQUE, combina la amplificación y detección simultánea de un fragmento de ADN sin la necesidad de una electroforesis.  

A diferencia de la PCR, en la qPCR se emplean moléculas fluorescentes (fluorógenos) que se intercalan en la doble hebra del ADN sintetizado o sondas, también fluorescentes, que hibridan (interaccionan) con el producto amplificado. El producto amplificado en cada ciclo de la PCR emite una señal de fluorescencia proporcional al ADN molde inicial permitiendo su cuantificación. Además, la amplificación o síntesis del ADN se detecta de inmediato (tiempo real).

Esta característica hace de la qPCR una técnica muy sensible y relativamente rápida para la detección y cuantificación de un ADN específico.

La qPCR es una herramienta muy útil y extremadamente sensible empleada en la práctica e investigación clínica, biológica, biomédica e industrial. 

RT-PCR vs. RT-qPCR 

La técnica de RT-PCR involucra la reacción de transcripción reversa (RT) a partir de ARN para generar una molécula de ADNc (ADN complementario). El ADNc obtenido sirve de molde para generar millones de copias del ADNc por PCR. Por tal razón, el término RT-PCR se refiere al ensayo de retrotranscripción o RT acoplado a la PCR y puede realizarse en una o dos etapas.  

Igual que la PCR, la técnica de RT-PCR se viene usando desde los años 80s del siglo pasado.  

Es ahora simple explicar que la RT-qPCR implica una reacción de RT acoplada a una PCR en tiempo real o qPCR.  

Estas cortas descripciones permiten comprender la diferencia entre PCR, qPCR, RT-PCR y RT-qPCR.

El ensayo de RT-PCR o RT-qPCR se puede realizar en una o dos etapas, dependiendo si se separa la reacción de RT de la de PCR. 

La prueba PCR para COVID-19 

Ya que SARS-CoV-2 es un retrovirus, la prueba de PCR para COVID-19 se basa en la detección de la presencia del material genético del virus, el ARN.  

Por tal razón, se requiere obtener el ARN viral de una muestra (suele ser de secreciones respiratorias), convertir el ARN en ADNc mediante RT y una amplificación por PCR, es decir realizar una RT-PCR. 

A pesar de que la RT-PCR ha sido empleada para la detección de diversas infecciones respiratorias, RT-qPCR es la técnica recomendada por la Organización Mundial de la Salud (OMS) y la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA) para realizar el diagnóstico de COVID-19.

La ventaja que ofrece la RT-qPCR en la detección del material genético del virus SARS-CoV-2 se sostiene en tres aspectos fundamentales: 

• Especificidad: se emplean sondas fluorescentes dirigidas a secuencias cortas de genes de SARS-CoV-2 (los genes RdRp, ORF1ab, N1, N2 y N3, y E) con capacidad de diferenciar entre otros virus muy cercanos evolutivamente. 
• Sensibilidad: debido a su límite de detección, puede detectar hasta 10 copias del material genético viral por reacción. 
• Diagnóstico oportuno: debido a su sensibilidad es posible detectar el virus al inicio de la infección.  

Flujo simplificado del ensayo de RT-qPCR para la detección de SARS-CoV-2. 

Así entonces, emplear el término PCR para la detección de SARS-CoV-2 simplifica la verdadera tecnología innovadora detrás de la técnica de RT-qPCR. Esta tecnología ha brindado un gran beneficio en el control de la pandemia de COVID-19 y nos ha hecho reflexionar sobre la importancia de la Biotecnología en el desarrollo del quehacer humano.  

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JM Viader-Salvadó